Miasto zostało założone w 1513 r. przez Jana Sapiehę. W jego murach gościli polscy królowie. Stoją tu dwa zabytkowe kościoły – gotycki Świętego Ducha i barokowy Św. Anny, o pięknym sklepieniu. To właśnie w nim – na głównym ołtarzu, króluje Matka Boża Kodeńska, zwana też Królową i Matką Podlasia.
Cudowny obraz przedstawia Maryję w królewskiej szacie trzymającą na lewej ręce Dzieciątko, spowite w długą suknię, a w prawej dzierżącą berło – symbol władzy królewskiej. Istnieją dwie teorie na temat wyglądu Maryi. Niektórzy historycy uważają, że została Ona namalowana na podobieństwo królowej kastylijskiej Joanny Obłąkanej, uważanej za świętą. Inna wersja mówi o malarskiej kopii figury wyrzeźbionej przez św. Łukasza, która obecnie znajduje się w Gwadelupę, w Hiszpanii. A namalował Ją benedyktyński opat Święty Augustyn, apostoł wysp Brytyjskich.
Według tradycji obraz został skradziony przez Mikołaja Sapiehę, podczas pielgrzymki w 1631 r. do Rzymu. Widok Madonny wprawił go w zachwyt, więc poprosił papieża Urbana VIII o darowanie mu go tego obrazu. Gdy papież odmówił, skradł dzieło i wrócił z nim do Kodnia. Zaczęły się dziać nadzwyczajne cuda, tak jakby Matka Boska była zadowolona ze zmiany miejsca. W końcu Urban VIII, po błaganiach, pozwolił Sapiesze zatrzymać obraz. W zamian miał odbyć pielgrzymkę do Rzymu. Dzięki staraniom Jana Fryderyka, w 1723 r. odbyła się koronacja obrazu. W 1875 r. wywieziono go do Częstochowy, a kościół zamieniono w cerkiew.
Malowidło wróciło do Kodnia dopiero w 3 IX 1927 r. Wtedy to opiekę nad sanktuarium objęli misjonarze oblaci Maryi Niepokalanej. 15 VIII 1973 r., w dniu 250-rocznicę koronacji Matki Bożej Kodeńskiej, papież Paweł VI podniósł kościół Św. Anny do godności bazyliki mniejszej.
